魔兽争霸3的剧情主要分为两个部分： 混乱之治和 冰封王座。
混乱之治
兽人篇
兽人酋长雷克萨在先知麦迪文的指引下率领部落前往卡利姆多大陆。
人族篇
洛丹伦王国王子阿尔萨斯和圣骑士乌瑟尔以及吉安娜一同调查诅咒教派，发现亡灵天灾的真面目，并杀死亡灵法师克尔苏加德。
阿尔萨斯为了杜绝瘟疫的传播，屠杀了斯坦索姆，并与乌瑟尔和吉安娜分道扬镳。
阿尔萨斯在恐惧魔王梅甘尔尼斯的引诱下北伐诺森德，拔起霜之哀伤，杀死梅甘尔尼斯后堕落成为巫妖王的仆从，并杀死父亲。
亡灵篇
阿尔萨斯成为死亡骑士，复活克尔苏加德，摧毁洛丹伦王国和高等精灵王国的首都奎尔萨克斯。
攻入达拉然，杀死大法师安东尼达斯，夺取麦迪文的魔法之书，召唤阿克蒙德来到艾泽拉斯，毁灭达拉然。
阿克蒙德为了获得暗夜精灵永恒之树的力量前往卡利姆多。
冰封王座
伊利丹的崛起
伊利丹吸收“古尔丹之颅”的能量，变成拥有恶魔外表和强大力量的生物，并获得古尔丹的部分记忆。
伊利丹遇见基尔加丹，基尔加丹命令他去终结耐奥祖，并消灭亡灵天灾的力量，作为交换条件，伊利丹将获得巨大力量。
伊利丹的行动
伊利丹准备摧毁囚禁巫妖王灵魂的冰封王座，召唤那迦寻找萨格拉斯之墓。
伊利丹成功窃取萨格拉斯之眼，来到达拉然，利用城市能量装置施展毁灭性法术，但被玛法里奥和泰兰德阻止。
伊利丹逃向外域，计划下一步行动。
玛维的追捕
典狱官玛维·影歌追捕伊利丹，但未成功。
其他种族的抗争
洛丹伦和奎尔萨拉斯变成充满瘟疫之地，只有小规模联盟抵抗力量在苟延残喘。
凯尔萨斯王子领导高等精灵抵抗力量。
最终决战
阿萨斯和耐奥祖合二唯一，坐在冰封王座上，麦乌在仇恨中迷失自我，最终被泰兰德和福荣恩阻止。
总结
魔兽争霸3的剧情围绕艾泽拉斯世界中的多个种族展开，讲述了他们之间的对抗、合作与成长。从兽人酋长的觉醒到人类王子的堕落，再到伊利丹的崛起和最终决战的打响，每个角色和种族都在为了自己的信仰和目标而奋斗。最终，阿尔萨斯和耐奥祖的合体，标志着一个时代的终结，也为后续的故事埋下了伏笔。
